Объясните,куда исчезает опыт.

Muertos: Обычная причина подобного - включение опции "Ускоренное обучение экипажа". В этом случае накопленный опыт уходит в экипаж, и это нормально.
Проверьте - если галочка напротив опции не стоит, и опыт не идет - то это повод обратиться в службу поддержки, адрес которой найдется у меня в подписи.